Mae nifer o asiantaethau ac awdurdodau yn cydnabod Llŷn fel man arbennig iawn. Mae agweddau gwahanol o dirlun a bywyd gwyllt Llŷn wedi’u dynodi gan asiantaethau amrywiol am resymau cadwraethol:
Ardal Cadwraeth Arbennig : Dynodiad Ewropeaidd sy'n gwarchod cynefinoedd a bywyd gwyllt prin. Pen Llŷn a’r Sarnau a Chlogwyni Arfordir Llŷn
Tirwedd o Ddiddordeb Hanesyddol Eithriadol: Cofrestrwyd gan CADW, ICOMOS a Chyfoeth Naturiol Cymru
Safle o Ddiddordeb Gwyddonol Arbennig: Dynodwyd nifer fawr o safleoedd gan Gyngor Cefn Gwlad Cymru oherwydd eu diddordeb bywyd gwyllt neu ddaearegol
Arfordir Treftadaeth Llŷn: Dynodiad lleol sydd yn gyffredinol yn cynnwys yr un rhan o'r arfordir â’r AHNE
Gwarchodfa Natur Genedlaethol:
Ynys Enlli, cynefin bywyd gwyllt o bwysigrwydd cenedlaethol
Ardaloedd Gwarchod Arbennig: Dynodiad Ewropeaidd a rhyngwladol gyda'r bwriad o warchod adar a’u cynefinoedd. 2 ardal, Glannau Aberdaron ac Ynys Enlli a Mynydd Cilan, Trwyn yr Wylfa ac Ynysoedd Sant Tudwal.